Die 1527 gegründete Hofkammer war die zentrale Finanzbehörde der Habsburgermonarchie. Ursprünglich für die Verwaltung des landesfürstlichen Eigenbesitzes und die Finanzierung des Hofstaates zuständig, dann mehr und mehr mit der Aufbringung der Gelder für Staatsverwaltung und stehendes Heer befasst, entwickelte sich die Hofkammer im 18. Jahrhundert zu einem „Superministerium“, das Finanzen, Handel, Wirtschaft, Bergbau und Verkehr gleichermaßen betreute.
Gerade im Bereich der Finanz- und Vermögensverwaltung ließ man schon in Spätmittelalter und Früher Neuzeit große Sorgfalt walten und dokumentierte Ausgaben, Einnahmen und Besitzstände.
1578 hatte sich in der Hofkammer bereits so viel älteres Schriftgut angesammelt, dass man es als „Alte Registratur“ getrennt vom Standort der Kammer in der kaiserlichen Burg, aber nicht weit davon entfernt, nämlich im „Kaiserspital“ am Ballhausplatz/Minoritenplatz, unterbringen musste. Dies war die Geburtsstunde des Hofkammerarchivs.
Im Kaiserspital mühte man sich jahrzehntelang ab, trotz niedrigen Personalstands Ordnung in den Materialwust zu bringen. Mitte des 18. Jahrhunderts galt die Ordnung des Hofkammerarchivs als vorbildlich.
Bedeutende Lücken in den Bestand schlug in der 1. Hälfte des 19. Jahrhunderts die Abgabe von wertvollem Archivgut an die Hofbibliothek, das Kriegsarchiv und besonders an das Haus-, Hof- und Staatsarchiv, darunter über 8.000 Urkunden
Der österreichische Dramatiker Franz Grillparzer (1791–1872) amtierte von 1832 bis 1856 als Direktor des Hofkammerarchivs.
In seine Amtszeit, und zwar in das „Revolutionsjahr“ 1848, fällt auch die Übersiedlung des Archivs aus dem „Kaiserspital“ in einen neuen Archivzweckbau des Architekten Paul Sprenger (1798–1854) am Standort Johannesgasse 6 (an der Stelle des ehemaligen Stadthofs des Klosters Kleinmariazell).
Im selben Jahr 1848 wurde das Archiv auch der „literarischen“ (also historischen) Forschung zugänglich gemacht.
Das denkmalgeschützte Gebäude, ein Juwel Wiener Biedermeierarchitektur, diente seit damals ohne Unterbrechung als Heimstätte des Hofkammerarchivs; es bildet mit der Archiveinrichtung ein historisches Ensemble. 1980–1984 wurde es einer umfassenden Generalsanierung unterzogen.
Die Revolution von 1848 und in ihrem Gefolge der Umbau der gesamten Staatsverwaltung beendeten die mehr als 300jährige Geschichte der Hofkammer. Ihre äußerst weit gespannten Agenden übernahmen jetzt mehrere Ministerien und Ämter.
Dennoch behielt das Hofkammerarchiv vorläufig seinen traditionellen Namen bei. Erst mit dem österreichisch-ungarischen Ausgleich von 1867 wurde das Archiv dem (gemeinsamen) Reichsfinanzministerium unterstellt und nahm folgerichtig eine neue Bezeichnung an („k. u. k. Reichsfinanzarchiv“).
Den 1875 einsetzenden ungarischen Versuchen, die Archivbestände, zwischen den beiden Reichshälften zu teilen, blieb der Erfolg versagt, doch hemmten die politischen Querelen die wissenschaftliche Tätigkeit des Archivs.
Die alte Bezeichnung „Hofkammerarchiv“ hielt sich hartnäckig, nicht zuletzt um Verwechslungen mit dem neuen „Finanzarchiv“, das dem k. k. Finanzministerium (zuständig nur für „die im Reichsrat vertretenen Königreiche und Länder“) unterstand, zu vermeiden. Mit dem Zusammenbruch der Monarchie 1918 kam sie auch offiziell wieder zu Ehren.
Einbußen im Bestand brachten in den Jahren nach 1918 Abtretungen von Archivgut an Nachfolge- beziehungsweise Siegerstaaten, besonders an die Tschechoslowakische Republik (über 1.000 Faszikel). Dem stand die Übernahme des Archivs des Obersten Rechnungshofes mit über 1.200 Faszikeln und mehr als 1.000 Büchern gegenüber.
1922 wurde das Hofkammerarchiv dem Bundeskanzleramt unterstellt. In der Zwischenkriegszeit erlebte es eine wissenschaftliche Blüte. 1935–1941 erschienen fünf Bände „Veröffentlichungen des Wiener Hofkammerarchivs“, Friedrich Walter (1896–1968), 1930–1945 Archivar am Hofkammerarchiv, führte hier das Publikationsunternehmen „Österreichische Zentralverwaltung“ fort.
Nach dem „Anschluß“ wurde das Hofkammerarchiv 1940 Teil des Reichsarchivs Wien. Im Zweiten Weltkrieg erlitt es keine Bestandsverluste.
Schon Ende des 19. Jahrhunderts platzte die Registratur des nur für die „österreichische“ Reichshälfte zuständigen k. k. Finanzministeriums aus allen Nähten. Das dort verwahrte, zum Teil bis ins 18. Jahrhundert zurückreichende Schriftgut war ungenügend aufgearbeitet und daher kaum benützbar.
1892 entstand so aus dem 1833 noch im Verband der Hofkammer geschaffenen „Mittleren Archiv“ mit Schriftgut ab den 1820er Jahren das „Finanzarchiv“, das erst 1947 mit dem Hofkammerarchiv zu einer Abteilung des Österreichischen Staatsarchivs verschmolz.
Das „Finanzarchiv“ war im Finanzministerium, dem Winterpalais des Prinzen Eugen von Savoyen in der Himmelpfortgasse, untergebracht. Die dort auftretenden Unterbringungsprobleme wurden 1995–2000 durch Übersiedlung in das Zentralarchivgebäude in Wien III gelöst.
An diesem Standort erfolgte im Laufe des Jahres 2006 auch die räumliche Zusammenführung mit dem Hofkammerarchiv.
Mit 1. Dezember 2006 wurde die Abteilung Finanz- und Hofkammerarchiv dem Allgemeinen Verwaltungsarchiv eingegliedert.